La sanción de las leyes de obediencia debida y punto final provocó que un gran número de las causas penales que se habían abierto con el fin de investigar los hechos cometidos durante la última dictadura militar quedaran paralizados, hasta que, en cumplimiento de las recomendaciones de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos para que el Estado argentino garantizara los reclamos de verdad (Informe 28/92), se realizaron los procesos conocidos como juicios de la verdad.

Así transcurrió una primera etapa, en la que se consideró suficiente el  mero "esclarecimiento” de los hechos como forma de cumplimiento de los deberes (y las facultades) del Estado argentino en esa dirección.

Luego, la Corte Suprema de Justicia de la Nación sostuvo, en el caso “Arancibia Clavel, Enrique” (Fallos:327:2312), que por tratarse de delitos de lesa humanidad correspondía la aplicación retroactiva de la imprescriptibilidad de la acción penal.

Y, más tarde, en “Simón, Julio Héctor”, declaró la inconstitucionalidad de las leyes 23.492 (punto final) y 23.521 (obediencia debida), negándole a dichas normas cualquier efecto que pudiera oponerse al avance de los procesos o al juzgamiento y eventual condena de los responsables, u obstaculizara las investigaciones en curso (Fallos: 328:2056).

Ello significaba que quienes habían resultado beneficiarios de tales leyes ya no podrían invocar ni la prohibición de retroactividad de la ley penal más grave ni la cosa juzgada, pues (de acuerdo con lo establecido por la Corte Interamericana de Derechos Humanos en el caso “Barrios Altos” -entre otros-) tales principios no podían convertirse en el impedimento para la anulación de las leyes mencionadas ni para la prosecución de las causas que fenecieron en razón de ellas, ni la de toda otra que hubiera debido iniciarse y no lo haya sido nunca.

En otras palabras, la sujeción del Estado argentino a la jurisdicción interamericana –se dijo en aquel entonces- impedía que el principio de irretroactividad de la ley penal pudiese ser invocado para incumplir los deberes asumidos en materia de persecución de violaciones graves a los derechos humanos.

Que análogas consideraciones fueron las que llevaron al Congreso Nacional, en el año 2003, a dictar la ley 25.779, por medio de la cual el Poder Legislativo declaraba insanablemente nulas las leyes en cuestión; y si bien se cuestionó la validez de aquella norma, la Corte declaró su constitucionalidad en el mismo precedente “Simón” ya citado.

A partir de esas decisiones se produjo la apertura y avance de una gran cantidad de causas en todo el país y, con ello, una serie de  requerimientos por parte de los magistrados encargados de su tramitación.

Para satisfacer las necesidades que se iban presentando, el Máximo Tribunal nacional creó una Unidad de Asistencia y Seguimiento de dichas causas, mediante la acordada 14/07, y de ese modo se fueron canalizando los distintos pedidos efectuados por los tribunales federales.