Las investigaciones en trámite ante el Juzgado Nacional en lo Criminal y Correccional Nº 12 están vinculadas a las violaciones a los derechos humanos que tuvieron lugar entre el 24 de marzo de 1976 y el 10 de diciembre de 1983, y se centran en el marco de la causa 14.217/03, caratulada “Escuela de Mecánica de la Armada s/ delito de acción pública”, del registro de la Secretaría Nº 23.

El objeto de la causa está constituido por todos aquellos hechos delictivos cometidos dentro del ámbito de la Escuela Mecánica de la Armada (ESMA), o bien por quienes desarrollaron tareas en la Unidad de Tareas 3.3.2, perteneciente al Grupo de Tareas 3.3 –con base operativa en esa dependencia naval-, y con motivo de ello llevaron a cabo operativos tanto en la Ciudad de Buenos Aires como en varias localidades del Gran Buenos Aires, destinadas principalmente a privar de su libertad a diferentes personas con el objeto de interrogarlas mediante la aplicación de tormentos y obtener nombres, direcciones y otros datos generales tendientes a desarticular agrupaciones políticas y sociales. En la mayoría de los casos, las personas privadas de su libertad fueron eliminadas físicamente.

De los testimonios obrantes en las actuaciones se desprende que la metodología de eliminación consistía en quemar los cuerpos sin vida o arrojarlos al mar mediante los denominados “vuelos de la muerte”. Otras personas recuperaron su libertad, aunque estuvieron en constante vigilancia durante un tiempo. Tales hechos fueron calificados como imposición de tormentos, privación ilegal de la libertad agravada, privación ilegal de la libertad con resultado muerte o imposición de tormentos seguida de muerte, según el caso.

La causa se inició el 15 de diciembre de 1983, cuando el Poder Ejecutivo Nacional, mediante el decreto presidencial Nº 158, dispuso someter a juicio sumario ante el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas a los integrantes de la Junta Militar que usurpó el gobierno de la Nación el 24 de marzo de 1976 y a los integrantes de las dos juntas militares subsiguientes.

Posteriormente, y a través del ministro de Defensa, el 24 de abril de 1986 se impartieron las “Instrucciones al Fiscal General del Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas”, que pusieron de manifiesto el propósito que se albergaba de someter también a juicio a los subordinados responsables por los hechos cometidos.

Inicialmente la causa se sustanció ante la Justicia Militar. Luego, por avocación, la investigación continuó su trámite ante la Cámara Nacional de Apelaciones en lo Criminal y Correccional Federal, bajo el Nº 761.

La promulgación de las leyes 23.4932 y 23.521, conocidas como de “punto final” y “obediencia debida”, provocaron la paralización de los juicios hasta el año 2003, cuando esa situación fue revertida por efecto de la promulgación de las leyes 25.778 y 25.779. De esta manera, el 1º de septiembre de 2003, por decisión de Superintendencia adoptada en pleno por la Cámara Nacional en lo Criminal y Correccional Federal Nº 4/03, se continuó la sustanciación del proceso penal. Al ordenarse el sorteo de las actuaciones entre los juzgados federales de la Ciudad de Buenos Aires, para establecer cuál de ellos debía continuar con el trámite de la causa, el legajo quedó radicado en el Juzgado Nacional en lo Criminal y Correccional Federal Nº 12, a cargo del juez Sergio Gabriel Torres.

En la actualidad (a agosto de 2009), la causa cuenta con 276 cuerpos, 559 cuestiones incidentales y más de 300 legajos y anexos vinculados con la investigación. Su objeto está constituido por 895 casos concretos y por lo menos una decena más que aún resta conocer la identidad de las víctimas o datos relacionados con las circunstancias de tiempo, modo y lugar en que se desarrollan. Se dictó auto de procesamiento a 65 imputados y se ordenó la captura internacional de otros siete.