En el marco de la causa en la cual se investigan los crímenes llevados a cabo  por el personal del Primer Cuerpo del Ejército, el juez Daniel Rafecas dispuso el procesamiento y la prisión preventiva del ex general de División del Ejército Carlos Alberto Martínez, quien durante la dictadura estuvo a cargo de la Jefatura II de Inteligencia y fue uno de los principales integrantes del Estado Mayor General del Ejército, órgano de asesoramiento directo al entonces comandante general del Ejército y presidente de la Junta Militar, Jorge Rafael Videla.

El juez procesó a Martínez por su participación en el plan sistemático de represión implementado durante la dictadura, en el ámbito jurisdiccional del Primer Cuerpo de Ejército, mediante el procesamiento de la información obtenida mediante los interrogatorios a víctimas detenidas, la infiltración, el análisis de la documentación y demás material capturado en los procedimientos de detención ilegal, para luego hacer la llamada “apreciación de inteligencia”, y determinación de “blancos”, que guiarían las acciones a seguir del plan represivo; en definitiva el juez sostuvo que la Jefatura II de Inteligencia tenía una doble función: consultiva y requirente ante el comandante general del Ejército Jorge Rafael Videla, quien mantenía la decisión respecto de la realización de los operativos que implicaban la concreción de las acciones criminales.

La imputación de Martínez se extendió a los padecimientos de 1194 víctimas, concretamente el juez lo consideró partícipe necesario del homicidio de 151 personas, la privación ilegal de la libertad de 1194 personas, la aplicación de torturas a 696, en tres casos seguidos de muerte; todo ello durante el período en que se desempeñó como “J II” o Jefe de Inteligencia, entre el 24 de marzo de 1976 y el 23 de enero de 1978, fecha en que fue designado a cargo de la Secretaría de Inteligencia del Estado, cargo que ocupó hasta enero de 1982.

La imputación del nombrado quedó conformada por las víctimas que estuvieron en los centros de detención “Atlético”, “Banco” y “Olimpo”, “El Vesubio”, “Superintendencia de Coordinación Federal”, “Garaje Azopardo”, “Automotores Orletti”, “Hospital Posadas”, “Sheraton”, “Cuatrerismo”, “Comisaría de Monte Grande, y del circuito represivo conformado por la “Comisaría 1° de Junín”, “Unidad 13 del Servicio Penitenciario de la provincia de Buenos Aires”, “Unidad Regional 8 de Junín” y “Destacamento de Morse”. 

También se le atribuyó a Martínez la intervención como partícipe en varios operativos de detención ilegal, entre ellos, el llevado a cabo en el “Hospital Posadas”, o el realizado en la llamada “Quinta La Pastoril” o “Quinta de Moreno”, o en el Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria –INTA- en Castelar,  a la vez que se le atribuyó la privación ilegal de la libertad de siete personas secuestradas en la localidad de Marcos Paz, entre ellas Oscar Felipe Sánchez, intendente de dicha localidad hasta 1976; como también el secuestro de un grupo de profesionales y empleados pertenecientes a la  Comisión Nacional de Energía Atómica, como Antonio Misetich, entre otros prestigiosos científicos de reconocimiento internacional, quienes se hallan desaparecidos.

También se lo procesó por su participación en el homicidio del coronel –ascendido post mortem- del Ejército Bernardo Alberte, quien en la década del sesenta había sido edecán y asesor del General Perón, y quien el mismo día del golpe de estado, a la madrugada, según tuvo acreditado el juez, habría sido arrojado por personal militar desde la ventana de su domicilio del 6to piso de Av. Del Liberador, en Capital Federal.